Paroki Roh Kudus Labuan Bajo, hari ini merayakan HUT ke 45 tahun 2022, dengan mengenakan Roh Kudus Turun Atas para Rasul sebagai pelindungnya. Secara resmi paroki ini didirikan tahun 1977. Sebelumnya, paroki Roh Kudus Labuan Bajo, bergabung dengan paroki Wangkung, Boleng. Berjarak kurang lebih 15 km dari Labuan Bajo, terletak di bagian Timur paroki Roh Kudus Labuan Bajo, sebagai pusat Kevikepan Labuan Bajo saat ini. Kevikepan Labuan Bajo berpindah dari Rangga Lembor dan atau Wae Nakeng sekitar 30an tahun lalu.
Pada awalnya, paroki Wangkung, dibagi atas tiga tempat wilayah pelayanan Pastoral untuk umat paroki persiapan di Labuan Bajo, yaitu Labuan Bajo, Longgo dan Sok Rutung. Dengan pastornya, adalah seorang misionaris turunan Eropa Amerika, yaitu Pater Victor Stevco, SVD. Namun, setelah dinobatkan dan diresmikan atau ditahbiskan menjadi Paroki Roh Kudus Labuan Bajo, sekitar tahun 1977; dengan pastor paroki pertama, adalah Pater Yan Djuang Somi, SVD( 1977-1984). Pastor paroki Kedua, Pater Agustinus Watu, SVD( 1984-1997). Pastor paroki ketiga, adalah Pater Stanislaus Wiparlo, SVD ( 1997-2005). Pastor paroki yang keempat, Romo Benediktus Jehadun, Pr( 2005-2011). Pastor paroki kelima, Romo Stefanus Sawu, Pr.( 2011- 2015). Pastor Paroki Keenam, Romo Richardus Manggu, Pr.( 2015-2020). Pastor paroki ketujuh, Romo Aloysius Gambur, Pr(2020- sekarang ).