Siswi SMAK Seminari Labuan Bajo Lulus Seleksi SNPB di Universitas Indonesia
Laporan Fr. Vayan Yanuarius (Frater yang menjalani Tahun Orientasi Pastoral di Seminari Labuan Bajo)
Sejak tahun 1987 sampai pertengahan tahun 2007, Seminari ini dikelolah oleh Terikat SVD dan bergabung dengan SMAK St. Ignatius Loyola yang merupakan milik Tarekat SVD. Namun, sejak pertengahan tahun 2007, Seminari Labuan diserahkan kepada Keuskupan Ruteng dan dikelola oleh Imam Projo sampai sekarang.
Pada tanggal 25 Agustus 2016, Seminari St. Yohanes Paulus II Labuan Bajo mempunyai sekolah sendiri dengan nama: SMAK Seminari St. Yohanes Paulus II Labuan Bajo yang berada di bawah Kementrian Agama Republik Indonesia. Meskipun demikian, mata pelajaran yang diajarkan di sekolah tetap mengikuti mata pelajaran seperti sekolah lain dengan memilih jurusan IPA dan IPS sejak kelas 1 SMAK.
Seminari Labuan berbeda dengan Seminari-Seminari lain. Seminari yang sering kita kenal adalah lembaga formasi calon imam. Itu berarti peserta didik yang mengikuti proses pendidikan hanyalah murid laki-laki. Seminari Labuan tidak hanya menerima peserta didik yang berjenis kelamin laki-laki tepai juga perempuan. Mereka mengikuti proses pendidikan seperti SMA non-seminari. Para siswi Seminari Labuan tidak sedang dipersiapkan untuk menjadi suster tetapi mereka dididik untuk menjadi awam yang baik, unggul, dan berintegritas.***