Dimana, kebiasaan yang baik selalu diatur oleh tata tertib yang terstandar ,yaitu setiap pagi bangun jam 04.30, siap dan wajib mengikuti misa pagi setiap hari. Berebutan untuk menjadi ajuda atau Koster di gereja Waerana. Sore hari, wajib mengikuti jadwal doa Rosario, di Gua Maria, yang terletak di depan pintu masuk gereja, sekitar berjarak kurang lebih 65 meter dari gereja Paroki Waerana. Dengan tempat yang asri dan rindang serta sejuk di bawah naungan pohon beringin.
Setelah sarapan pagi, semua siswa bergegas menuju sekolah sebelum pukul 07.15 tanda mulainya kegiatan belajar mengajar di sekolah sampai pukul 13.00 setiap hari, dengan Jedah istirahat 15 menit setiap hari, dalam dua kali istirahat. Jam 09.30-09.45, dan Jam 11.15-11.30 menit. Dan, ada waktu khusus untuk mengikuti kegiatan bimbingan Rohani, berupa Rekoleksi, dan setiap hari Rabu, jam 15.00-16.30 kegiatan ekstrakurikuler wajib Pramuka. Selain itu, yang amat penting pula, adalah kebiasaan untuk belajar sore di sekolah, dimulai pukul 15.30-16.30 WITA setiap hari. Juga, kebiasaan belajar malam dimulai pukul 18.30-20.30, diikuti doa bersama di asrama sebelum istirahat malam di setiap asrama, baik asrama putra maupun di asrama putri.